自己株式の会計処理については、自己株式等会計基準にその処理が定められています。まず取得時においては、会社法の考え方と同様に株主に対する金銭の交付という考えから、取得原価をもって純資産の部から控除する事となります。付随費用についてはあくまで株主との間の資本取引では無いことから営業外費用としての処理となります。
処分時の処理としては、処分した自己株式の簿価とその対価の差額について、自己株式処分差益（差損）として処理を行う。この自己株式処分差益（差損）はその他資本剰余金であり、自己株式処分差損が発生した結果、会計期間末にその他資本剰余金の残高が負の値となればその他利益剰余金への振替が必要となる。
償却時の処理についても、償却する自己株式の簿価をその他資本剰余金から減額する処理を行う。その結果会計期間末にその他資本剰余金が負の値になった場合のその他利益剰余金への振替は上記処分時と同様である。