健康保険料の給与天引きについては、健康保険法167条により前月の標準報酬月額に係わる保険料を控除する事が原則となっています。つまり、例えば月末締め翌月払いの給与であれば給与支払時に前月分の保険料を徴収し、給与支払月に納付という流れになります。
ただ、当該給与天引きについて（個人的に）ややこしいのは、支払ベースで当月前月を判断するため、上記のような前月締め翌月払いのような場合には、給与の締め支払いと健康保険料も一致するのですが、当月締め当月払いの給与のクライアントの場合には、そこで源泉徴収される保険料はあくまで前月のものになるという点が考えていていつもこんがらがります。
因みにじゃあ当月締め当月払いの給与の時の退職時の健康保険料の給与天引きはという話ですが、これは当月保険料も含めた2か月分を最終給与で給与天引きすることが出来ます。