従業員に対する給与や賞与、税理士に支払う報酬等は源泉所得税の徴収対象となり、徴収した源泉税は原則として給与などを実際に支払った月の翌月10日までに国に納める必要があります。但し、給与の支給人員が常時10人未満である源泉徴収義務者であれば納期の特例の承認に関する申請を税務署へ提出することにより、半年分の源泉所得税を1月と7月の年2回まとめての納付とすることが出来るようになります。
ここで、徴収した源泉所得税について、納期限までに納付出来なかった場合については、不納付加算税等のペナルティがつくことになります。まず、不納付加算税については、国税通則法第67条によると、税務署からの告知が来てから納付した場合は納付金額の10%、自ら気づいて自主的に納付した場合は5%の金額となります。なお、不納付加算税については、納期限の1か月以内に納付した場合には免除（但し、過去1年以内に納期限後の納付が無い場合）され、また、計算された加算税が5,000円未満の場合も免除となります。
また、延滞税も課されることになります。延滞税は令和3年であれば、納期限後2カ月までは2.5%（特例基準割合＋1%）、2カ月を経過する日の翌日からは8.8%（特例基準割合＋7.3%）で計算されます。なお、国税通則法第61条3項で原則として納期限から1年を経過する日後の期間ついては延滞税の計算から控除され、計算された延滞税の金額が1,000円未満の場合は免除されます。