印紙税法第3条は、「別表第一の課税物件の欄に掲げる文書のうち、第五条の規定により印紙税を課さないものとされる文書以外の文書（以下「課税文書」という。）の作成者は、その作成した課税文書につき、印紙税を納める義務がある。」となっており、課税文書の作成者は印紙税を納める必要があります。
そして、印紙税法基本通達第44条に「法に規定する課税文書の「作成」とは、単なる課税文書の調製行為をいうのでなく、課税文書となるべき用紙等に課税事項を記載し、これを当該文書の目的に従って行使することをいう。」とあり、ここで課税文書となるべき用紙等に課税事項を記載とあるので、電子文書にしたら印紙税が不要なのではという話になるのですが、実際国税庁HPの文書回答事例において、注文請書をPDFファイル等の電磁的記録に変換し、電子メールを利用して送信する場合に、「たとえ注文請書を電磁的記録に変換した媒体を電子メールで送信したとしても、ファクシミリ通信により送信したものと同様に、課税文書を作成したことにはならない 」との回答をしているので、紙での契約をせずに電子契約にすることにより印紙税を浮かせることが出来ます。
一方で、電子契約の場合に法的効力を持たせることを考えると、それはそれでお金が掛かるため、結果的にどちらが良いかという話もあります。電子契約にせずとも、例えば請負加工契約を結ぶ際に先に基本契約にて引受数量を記載せずに単価のみ記載しておき、後で別の文書にて加工数量の取り決めをすれば、課税物件表の適用に関する通則４ホ㈡により課税文書である基本契約から単価を引用する事が不可となり、加工数量の取り決め文書については記載金額の無い文書となるため、1つの契約書に纏めてしまうと数万円の印紙が発生するような場合でも印紙代を節約できるようなケースもあるかと思います。