非上場株式の譲渡の話が出るといつも頭が混乱します。なぜややこしいのかと言うとやはり株式の価額が3種類出て来るからだと思います。というのは、譲渡人の取得した時の価額、譲渡時の時価、実際の譲渡価額の3種類を考慮して考える必要があるからです。
また、個人同士間の取引なのか、個人と法人間なのか、法人同士間なのかによっても影響があるため、なおさら複雑になってきます。そして、基本的に時価との乖離があったりすると、個人なら贈与税がかかってきたり法人なら受増益や寄付金を認識しないと行けなかったりします。
例えば、個人から法人に株式を譲渡しようとしたときに、譲渡価額＞時価＞取得価額であった場合には、譲渡人（個人）では一時所得、譲渡所得による所得税が、譲受人（法人）では譲渡価額と時価の差額が寄付金にという具合になります。
また、上記の例で個人間であれば、譲受人（個人）は課税関係は基本的に生じませんが、譲渡人（個人）では贈与税、譲渡所得による所得税が発生します。
ややこしいです。