士業やフリーランスとして働く人の交通費をクライアントがそれらの人に支払う場合においては、報酬として源泉徴収の必要があります。一方で、クライアントから交通機関や宿泊施設へ直接払った場合には源泉徴収は不要となります。（所得税基本通達204-4）
税務通信3615号にこの点についての記事がありましたが、国税庁への取材により立替払いの場合は源泉徴収不要との事で確認がとれたとの事です。つまり、記事によれば領収書をクライアント名義でとり、当該クライアント名義の領収書を提出する事により精算処理を行う事で立替払いとなり、その場合は源泉徴収不要という事のようです。
領収書を自分（個人）名義かクライアント名義でとるかの違いですが、公共の交通機関でも新幹線等の長距離のものならまだしもローカル線なんかでもいちいち必要になるんでしょうか。ローカル線の運賃はそもそもクライアントへの請求の際に金額や乗降駅位の記載だけでしているケースも多いと思うのですが、この場合は立替と認められるんでしょうかね。